براساس قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان، پس از اتمام مواعید مقرر در ماده (۳) این قانون، ماموران مالیاتی جز در مواردی که در قانون اجازه داده شده نباید در تشخیص بدهی مالیات بر ارزش افزوده اشخاص مشمول دخالت کنند.با توجه به  قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان، در بحث ثبت معاملات و محاسبه مالیات ارزش افزوده در سامانه مودیان، صورت‌حساب الکترونیکی توسط فروشنده و از طریق سامانه مودیان صادر می‌شود. در مورد مودیانی که مستقیما با مصرف‌کننده نهایی ارتباط دارند نیز عملیات ثبت فروش و صدور صورتحساب الکترونیکی، توسط پایانه‌های فروشگاهی انجام می‌شود.

همچنین در صورتی که خریدار، مصرف کننده نهایی نباشد و خود عضو سامانه مودیان باشد، صورتحساب الکترونیکی صادر شده توسط فروشنده، به صورت خودکار به کارپوشه خریدار در سامانه مودیان منتقل می‌شود و به عنوان اعتبار مالیاتی برای او منظور می‌شود.

با توجه به تبصره ماده پنج قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان، مودیان مالیاتی مکلف هستند ظرف ۳۰ روز از تاریخ درج صورتحساب الکترونیکی در کارپوشه مودیان نسبت به اعلام پذیرش یا عدم پذیرش این صورتحساب‌ها اقدام کنند. عدم اظهار نظر ظرف مدت مذکور به منزله تایید صورتحساب مربوطه خواهد بود.

لازم به ذکر است که اگر مالیات فروش مودی بیشتر از مالیات خرید(اعتبار مالیاتی) وی باشد، مودی موظف است از مابه‌التفاوت مالیات فروش و مالیات خرید خود را در طول دوره(سه ماهه هر فصل) طبق مقررات پرداخت کند و این مالیات توسط سامانه محاسبه می‌شود.

گفتنی است، پس از  اتمام مواعید مقرر در ماده (۳) این قانون، ماموران مالیاتی جز در مواردی که در این قانون اجازه داده شده نباید در تشخیص بدهی مالیات بر ارزش افزوده اشخاص مشمول دخالت کنند. همچنین به منظور تکمیل اطلاعات سازمان امور مالیاتی در خصوص مودیانی که عضو سامانه مودیان نبوده یا بدون صدور صورتحساب الکترونیکی اقدام به فروش می‌کنند، سامانه مودیان باید به گونه‌ای طراحی شود که مودی بتواند خریدهای خود را که فروشنده برای آنها صورتحساب الکترونیکی صادر نکرده است را به سازمان اطلاع دهد.

در تبصره دیگری از این ماده قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان آمده است که گمرک جمهوری اسلامی ایران موظف است امکان انتقال الکترونیکی و برخط اطلاعات مالیات بر ارزش افزوده پرداخت شده توسط واردکنندگان را به سامانه مودیان از طریق مرکز ملی تبادل اطلاعات فراهم کند.